यह विद्यालय सन् 1902 में आर्य समाज कन्या पाठशाला के नाम से शीतला गली, आगरा में आर्य समाज आगरा नगर द्वारा स्थापित हुआ। इसके पश्चात् यह पाठशाला माईथान स्थित भवन में स्थानान्तरित हो गयी। उदारमानी श्रेष्ठी श्री केदारनाथ जी सेकसरिया वैदिक धर्म के अनुयायी थे और आर्य समाज में उनकी असीम श्रद्धा थी। बालिकाओं में शिक्षा प्रसार हेतु उनकी इच्छा हायर सेकेण्ड्री स्कूल स्तर की एक आर्य कन्या पाठशाला स्थापित करने की थी। उन्होंने 9 अगस्त, सन् 1949 को इस उद्देश्य की पूर्ति हेतु एक न्यास (Trust) 'केदारनाथ सेकसरिया कन्या पाठशाला चैरिटी ट्रस्ट' के नाम से स्थापित किया। उनके द्वारा स्थापित ट्रस्ट की धनराशि में से विद्यालय की स्थापना हेतु एक भवन क्रय करने हेतु इस न्यास ने उस समय के न्यासियों को निर्देशित किया। इस न्यास के अनुसार एक भवन एक लाख रुपये की धनराशि से क्रय किया गया तथा न्यास के प्रावधान के अनुसार उसका प्रबन्ध आर्य समाज आगरा नगर फ्रीगंज को सौंप दिया गया।

आर्य समाज ने न्यास के प्रावधान के अनुरूप माईथान भवन से आर्य कन्या पाठशाला को इस क्रय किये भवन में 1952 में स्थानान्तरित कर उच्चतर माध्यमिक स्तर का विद्यालय बनाया तथा इस विद्यालय का नाम 'श्री केदारनाथ सेकसरिया आर्य कन्या उच्चतर माध्यमिक विद्यालय' रखा। तत्पश्चात् आर्य समाज आगरा नगर (फ्रीगंज) आगरा ने इस विद्यालय को अपने प्रयास व साधनों से इण्टर कक्षा तक की मान्यता सन् 1956 में दिलायी तथा उसके अनुरूप इस विद्यालय भवन में संशोधन, परिवर्तन किया तथा नवीन निर्माण कराया। अब इस विद्यालय का नाम 'श्री केदारनाथ सेकसरिया आर्य कन्या इण्टर कॉलेज बेलनगंज, आगरा' है। इण्टर कक्षा तथा मान्यता प्राप्त करने के पश्चात् आर्य समाज आगरा नगर ने अपने विभिन्न स्रोतों से धन एकत्रित कर इस विद्यालय में जीर्ण-शीर्ण इमारतों को हटाकर नवीन निर्माण कराये हैं और अब यह विद्यालय आर्य समाज आगरा नगर के कार्यकर्ताओं तथा उनके द्वारा निर्वाचित प्रबन्ध समिति के अथक प्रयासों से यह सुसम्पन्न विद्यालय श्री केदारनाथ जी सेकसरिया तथा आर्य समाज की महिला शिक्षा नीति के उद्देश्य पूर्ति में संलग्न है। विद्यालय का प्रबन्ध आर्य समाज आगरा नगर (फ्रीगंज) आगरा की सभा द्वारा निर्वाचित प्रबन्ध समिति के द्वारा होता है। न्यास के प्रावधान के अनुसार श्री केदारनाथ जी सेकसरिया के परिवार के दो सदस्य तथा इण्टरमीडिएट एक्ट के अनुसार दो शिक्षिकाएँ भी इस प्रबन्ध समिति की सदस्या होती हैं।